जीवनको उत्तरार्धमा विजय मल्ल मधुमेह रोगबाट पीडित थिए । साथै उनका आँखाले पनि उनलाई धोका दिन थालिसकेका थिए । खास गरेर उनी ०५६ साल वैशाखको अन्तिम सातादेखि थला पर्न थालेका थिए । अनि त्यस बेला ज्यादै शिथिल भएपछि उनले केही दिन वीर अस्पतालमा पनि आश्रय लिनुपरेको थियो । 

तर अस्पतालबाट घर फर्केपछि फेरि उनको स्वास्थ्य डामाडोल हुन थालेको थियो । उनका दाजु गोविन्दबहादुर मल्ल ‘गोठाले’का अनुसार उनी बेहोस भएका थिए । उनी मुर्छित भएपछि उनलाई हतारोमा वीर अस्पताल पुर्‍याइएको थियो । तर उनको कुनै सुधारै हुन सकेन । उनी मुर्छित नै भएको बखत उनले आफ्नो भौतिक चोला त्यागेका थिए । भनौँ ०५६ साल साउन ८ गते साँझ साढे ६ बजे उनको स्वर्गारोहण भएको थियो ।

विजय मल्लको निधनमा सारा साहित्य फाँट नै शोकमग्न भएको थियो । उनको अन्तिम दर्शनको अभिलाषा राखेर धेरै ठाउँबाट उनका घरमा अनुरोध पुगेको थियो । त्यसैले उनलाई भोलिपल्ट नै नेपाल राजकीय प्रज्ञाप्रतिष्ठानको आँगनमा पुर्‍याइएको थियो । त्यति बेला उनको पार्थिव शरीरमा श्रद्धाञ्जली अर्पण गर्न वाङ्मयसेवीहरूको भीड लागेको थियो ।

विजय मल्लको स्वर्गारोहणको समाचार सुनेर राजा वीरेन्द्र र रानी ऐश्वर्यले पनि गहिरो शोक मनाएर मल्लनिवासमा पत्राचार गरेका थिए । साथै प्रधानमन्त्री कृष्णप्रसाद भट्टराईले पनि निकै गहिरिएर मल्लउपर श्रद्धाञ्जली अर्पण गरेका थिए । त्यसपछि उनले सार्वजनिक स्थलमै बयान दिएका थिए, ‘नेपाली वाङ्मयको एउटा चहकिलो तारा अस्तायो ।’

खासमा कृष्णप्रसाद भट्टराई र मल्लहरूको पारिवारिक सम्बन्ध पुरानै थियो । यसबारे भट्टराईले लेखेका पनि थिए, ‘मित्र विजय मल्लका पितापुर्खा र हाम्रा पितापुर्खाको सम्बन्ध बागदरबारका मालिक श्री ५ उपेन्द्रवीरविक्रम शाहका दरबारदेखिकै हो । हामी त्यहाँका राजपुरोहित थियौँ र त्यस बेला उहाँहरू त्यहीँ मेनेजर हुनुहुन्थ्यो । यस परिप्रेक्ष्यमा श्री ५ उपेन्द्रका सन्तानहरू रामनगरका राजा भएपछि हामी पनि त्यही पुग्यौँ र उनीहरू बनारस सरेपछि हामी पनि बनारस बस्न थाल्यौँ ।’

विजय मल्लको निधनमा राष्ट्रिय सम्मान दिन श्री ५ को सरकारले निर्णय गरेको थियो । त्यसैले मल्लको अन्तिम संस्कारका क्रममा पशुपति आर्यघाटमा मन्त्रीलगायत सरकारी कर्मचारी पनि पुगेका थिए । सरकारी निर्देशनअनुसार प्रहरीको एउटा जत्था अथवा भनौँ टुकडीले त्यस घडी मल्लको भौतिक चोलालाई सलामी अर्पण गरेको थियो । त्यतिबेला आर्यघाटमा मल्लका श्रद्धालुहरूको पनि ओइरो लागेको थियो । 

विजय मल्लले आफ्नो भतिज रमेश मल्ललाई बराबर भन्ने गरेका थिए, ‘हेर बाबु ! मेरा छोरा भएनन् । म मरेपछि तैँले नै मलाई आगो राख्नुपर्छ है !’ मल्लको पूर्वइच्छानुसार उनका सहोदर दाजु गोविन्दबहादुर मल्ल ‘गोठाले’का कान्छा छोरा रमेश मल्लले विजय मल्लका मुखमा दागबत्ती चढाएका थिए । 

विजय मल्लको इहलीला समाप्त भएको सात महिनापछि उनकी पत्नी श्यामा मल्लले पनि संसार छोडेकी थिइन् ।